FTPで千個や一万個以上にも及ぶ大量のファイルをアップロードすると、大変時間がかかり日が暮れてしまいますね。
私はWordPressやCakePHPをさくらサーバーにUPする度に、毎回毎回日を暮らしておりました。アホですね。

zip圧縮してアップロードし、ファイルマネージャで解凍すればいい

数万個のファイルもzip形式などに圧縮すれば1つにまとまります。1つのファイルなら例え100MBあってもアップロードに大した時間はかかりませんね。
アップロードが完了したらブラウザからさくらのファイルマネージャを開き、該当の圧縮ファイルを右クリック→「リモートで解凍」すればOK。これで一瞬です。

ファイルマネージャーで解凍

ダウンロードする時は同様に、「リモートで圧縮」でファイルを圧縮しダウンロードします。ローカル環境にバックアップを作成するのもあっという間ですね。

ちなみにファイルマネージャーのアクセス方法

さくらのファイルマネージャーはコントロールパネルにログインし、ここからアクセスします。私はスタンダードを使っています↓